嵊泗县海域水产资源丰富,有鱼类96种,虾类19种,蟹类15种,海藻类118种,还有软体动物及贝类。
鱼类资源主要有:带鱼、大黄鱼、小黄鱼、银鲳、乌鲳、燕尾鲳、海鳗、星鳗、鳓鱼、鱼免 鱼、鲻鱼、黄姑鱼、石斑鱼、鲨鱼、马鲛鱼、舌鳎鱼、鲥鱼、鲐鱼、鲷鱼、东方鱼屯、鲈鱼、遮目鱼、红娘鱼、虎鱼、鱼安 鱼康、龙头鱼、梅童、凤鲚、刀鲚、棱鱼是、斑鱼祭 等。
虾类资源主要有:周氏新对虾、细巧仿对虾、哈氏仿对虾、须赤虾、中华管鞭虾、中国毛虾、日本毛虾、日本鼓虾、海蜇虾、安氏白虾、脊尾白虾等。
蟹类资源主要有:三疣梭子蟹、远海梭子蟹、红星梭子蟹、东方大面蟹、日本近方蟹、中华近方蟹、掌痕沙蟹等。
据县水产局调查资料,岩礁上贝类数量平均433.02个/平方米,生物量平均达132.58毫克/平方米。
软体动物资源主要有:乌贼、鱿鱼、章鱼、条纹隔贻贝、厚壳贻贝、紫贻贝、笠贝、龟甲、褶牡蛎、红条毛映石鳖、朝鲜鲍带、石鳖、绣凹螺、荔枝螺、短尾顶螺、日本菊花螺,齿纹蜒螺、丽核螺、蝾螺,光滑兰哈、彩虹明樱蛤、中国不等蛤、杂色哈、毛蚶、青蚶、蛏子、海蜇、海葵、珊瑚、藤壶、海胆、海星、海绵等。
本县海域有海藻118种,其中绿藻类23种,褐藻类24种,红灌类69种和蓝藻类2种。主要优势种是浒苔、蛎菜、孔石纯、裙带、紫菜、海萝等。